慶余年第二季與原著存在多處改動。在男主設定方面,原著中范閑是殺伐果斷、利己主義且行事縝密的人,劇版中則被設定為悲天憫人的熱血青年,甚至公然和皇帝對抗,手法低劣。在劇情方面,原著中第二季的劇情順序應為春闈案>大婚>出使北齊>抱月樓事件>懸空廟刺殺>下江南收內庫,而劇版不僅改動了原有劇情模塊的順序,還刪減了很多人物和劇情。比如言冰云假死在原著中沒有,滕子京在原著中只是腿瘸未死,檢察院一處的主事是木鐵而非鄧子月,去北齊接替言冰云的人是王啟年而非郭寶坤,代替王啟年的人是鄧子月。此外,林婉兒和范閑大婚的時間和場面在原著和劇版中也有所不同。